Le club a été fondé le 25 juin 1892 sous le nom de BFeC Hertha 92, tirant son nom d’un bateau à vapeur avec une cheminée bleue et blanche. Un des quatre hommes qui fonda le club fit une excursion d’une journée sur un navire du nom de Hertha avec son père. Le nom Hertha est une variation de Nerthus, déesse de la fertilité dans la mythologie germanique.
Au moment de la fondation de la Bundesliga en 1963, le Hertha fut champion en titre de Berlin et fut donc membre de la première édition du nouveau championnat allemand. Malgré le maintien, l’équipe fut rétrogradée après la saison 1964-65 à la suite des tentatives de corruption des joueurs pour jouer dans toute la ville. Cela causa une crise pour la Bundesliga qui voulait, pour des raisons politiques, continuer à avoir une équipe créée avant la construction du mur en première division et représentant la capitale. Grâce à diverses démarches, le SC Tasmania 1900 Berlin fut promu. Il livra la plus mauvaise performance jamais enregistrée dans l’histoire de la Bundesliga. Le Hertha réussit de son côté un retour en première division allemande en 1968-69 et fut le club préféré des berlinois.
C’est la devise du club. La population ne cesse de croître. Le Hertha précise : Le chapitre le plus réussi de notre histoire, c’est l’avenir. Le club a participé pour la première fois de son histoire à la Ligue des Champions lors de la saison 1999-2000. Après des années difficiles, le club réunit aujourd’hui des supporters de l’Est et de l’Ouest.
La plus grande amitié reste celle avec le Karlsruher SC. L’origine de cette amitié remonte au 14 août 1976. Ce jour-là, les fans du Hertha prennent le train pour aller à Karlsruhe. À la sortie du train, les supporters du KSC accueillent fièrement et sympathiquement les supporteurs du Hertha. Ils font la fête ensemble et discutent pendant plusieurs jours. Depuis ce jour, dans la victoire comme dans la défaite, malgré le peu de rencontres, les deux clubs restent de très grands amis. Il y a aussi une amitié avec le Racing Club de Strasbourg du fait de leurs liens respectifs avec le Karlsruher SC. Le principal rival du Hertha est son plus proche voisin, le FC Union Berlin. Il existe d’autres rivalités moins marquées avec Schalke 04, le FC Energie Cottbus ainsi que le Hansa Rostock.
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